FK JUNIOR Děčín byl založen v roce 1997 a vznikl na základě oddělení a převzetí mládežnických družstev o tehdy třetiligového Děčínského klubu FK Pelikán.Klub přebírá do zprávy sportovní areál Máchovka  na kterém proběhla v roce 2000 rekonstrukce a škvára je nahrazena přírodní trávou z automatickou závlahou.V roce 2002 přebírá do zprávy i druhém sportoviště Městský stadion / dříve Kovostroj/    Ve své DVEACETILETÉ  historii dosáhl několika úspěchů v mládežnických věkových kategoriích. Dorost postoupil v roce 1999 do druhé dorostenecké ligy,kde působil tři roky do reorganizace a vytvoření divizních soutěží ,do kterých byl přeřazen. . Historickým úspěchem žákovské kopané pak byl premiérový postup do I.žákovské ligy v roce 2004.V roce 2007 došlo k sloučení s klubem FK Janda Ludvíkovice a převzetí družstva mužů,hrajících I.B tř.V  následném roce tento celek postoupil do I.Atř. .V roce 2007 došlo k rekonstrukci druhého sportoviště klubu Městského stadionu,kde byl položen umělý povrh III.generace vč. osvětlení .V roce 2010 postupuje FK JUNIOR do nejvyžší krajské soutěže Krajského přeboru  kde v roce 2013 dosahuje největšího úspěchu a obsazuje třetí místo .Klub pravidelně organizuje vzimní turnaj pro muže tj.“ O POHÁR MĚSTA DĚČÍNA „ .V roce 2009 a v následných třech letech  byl FK JUNIOR Děčín  organizátorem jedné ze skupin mezinárodního zimního turnaje pro prvoligové celky „TIPSPORT LIGA“ .

V roce 2011 dochází ke sloučení s dalším Děčínským klubem FK ŘEZUZ Děčín.Klub přebírá místo nejvýše postaveného klubu v Děčíně Klub zahajuje spolupráci s Fotbalovou akademií Petr Voříška ,do které jsou přezařazeny všechny družstva přípravek. V současné době celek mužů hraje krajskou soutěž a jeho pět mládežnických celku učinkuje  v Krajském přeboru. Klub má statut SCM Ústeckého fotbalového svazu.

Významní trenéři klubu:

Julius Časný, Bedřich Borovička, Antonín Smolík, Josef Petříček, Josef Florián, Ladislav Sajvera, Miloš Žebro, Josef Hrdlička, Josef Sýkora, Jan Majer, Milan Řehák, Pavel Horáček

Významní odchovanci klubu:

Kamil Podolský, Antonín Čapek, Vít Žák, Lukáš Klinský, Tomáš Vlasák, Lukáš Vaněk, Jakub Pícha, Ladislav Schön, Adam Kučera, Kamil Pařízek, Tomáš Tyl, Petr Novotný, Richard Sedláček, Tomáš Kybal, Jakub Murdych, Vojtěch Galaš, Ondřej Barilla, Stanislav Jirchář, František Ciprys, Jakub Veselý, Radek Grunt, Martin Žáček, Martin Bárta, Adam Horký, Tomáš Fichtner

Úspěchy: muži   2007 I.místo  I.B tř. –postup do I. A tř

                           2011 II.místo I.A tř.- postup do Kr. přeboru

                           2013 IIÍ.místo Krajského přeboru

           Mládež   1999 I.divize dorostu – postup do II.ligy

                          2005 vítěz krajského poháru st. žáků

                          2009 I.místo žáků Kr.přeboru – postup do I. Ligy

                          2012 I.místo Kr. přeboru ml. dorostu

                          2013 I.místo Kr. přeboru ml. dorostu

                          2016 I.místo Kr. přeboru ml. dorostu